В недавнем исследовании, опубликованном в «Nature Genetics», ученые определили клеточный состав раковых клеток из 11 колоректальных опухолей, а также смежных нераковых клеток. Для этого они разработали контрольный компонентный анализ – алгоритм, который существенно улучшает точность кластеризации.
Типы колоректального рака могут быть дополнительно разделены на подгруппы, основанные на клеточном типе опухолей. Поскольку каждая из этих подгрупп имеет различную вероятность выживания, алгоритм, используемый исследователями, может представить онкологам более полную информацию о прогнозах и вариантах лечения этого заболевания.
Достижения в области геномного секвенирования опухолей улучшило классификацию подтипов новообразований, делая лечение рака более точным и повышая выживаемость пациентов. Сегодня стало возможным деконструировать опухоль на составные части клеточного типа, изучая трансрикптом, и, следовательно, лучше понять ее основную биологию.
В текущем исследовании ученые отобрали 626 клеток из колоректальных опухолей и нормальных образцов ткани, используя одноклеточное секвенирование РНК. Они изучили транскриптомы каждой клетки и выявили два различных подтипа связанных с раком фибробластов (CAF). Эти фибробласты оказывали сильное влияние на экспрессию мезенхимального гена, как правило, связанную с эпителиально-мезенхимальным переходом, происходящем при патологических процессах. CAF способствовали ухудшению прогнозов у пациентов с колоректальным раком.
Эти результаты, по мнению ученых, свидетельствуют о необходимости проведения более точной классификации колоректального рака. Благодаря транкриптомике отдельных клеток онкологи смогут получить доступ к улучшенному профилированию опухоли, а значит, и к повышению эффективности лечения пациентов.
Источник: http://www.medicalnewstoday.com/releases/316523.php
