Новые технологии позволяют исследователям глубже изучить геном и экзом. Исследователи из онкологического центра Рогеля Университета Мичигана составили каталог нового класса РНК, кольцевой РНК, и провели первое исследование, которое предполагает, что эти структуры могут служить биомаркерами рака в крови или моче.
Кольцевая РНК – это тип некодирующей РНК, которая образует замкнутую кольцевую структуру, а не линейную. Новые методы секвенирования РНК позволили выявить ее, но мало что известно о том, почему и как она функционируют. Исследование опубликовано в Cell.
«Нас больше всего интересует потенциал кольцевых РНК в качестве неинвазивных биомаркеров. Благодаря стабильной структуре мы могли бы обнаружить их в крови или моче больных раком. Это может быть полезно для диагностики или прогноза заболевания», – говорит Арул М. Чиннайян, доктор медицинских наук, директор Мичиганского центра трансляционной патологии.
Исследователи идентифицировали РНК из более 800 образцов опухолей, собранных в рамках программы MiONCOSEQ. Они продемонстрировали, что секвенирование захватывающей РНК, разработанное для MiONCOSEQ, было более надежным, чем существующие методы.
«Подход захвата может быть ограничен, потому что он основан на зондах, которые мы использовали для захвата РНК. Таким образом, мы фиксируем большое количество РНК. Вот почему мы смогли выявить много РНК, которые не были известны раньше», – говорит Чиннайян.
Техника требует лишь небольшое количество РНК, чтобы иметь возможность идентифицировать кольцевую РНК в крови или моче.
Кроме того, команда исследователей определила несколько кольцевых РНК, которые были обнаружены в ткани рака простаты. Они обнаружили, что они более стабильны, чем линейная РНК и также могут быть обнаружены в образцах мочи.
«Мы смогли показать, что кольцевая РНК присутствует в моче, и что ее можно обнаружить при раке предстательной железы. Наши будущие исследования будут изучать кольцевую РНК как биомаркер рака мочи или крови», – говорит Чиннаян.
Исследователи передали результаты в базу данных под названием MiOncoCirc, в которой собраны образцы кольцевых РНК из образцов опухолей. Этот ресурс доступен для других исследователей, чтобы помочь в разработке новых биомаркеров рака.
Источник: https://www.sciencedaily.com/releases/2019/02/190207141907.htm
