Выявление и определение приоритетности вариантов лечения, основанных на профиле генетических изменений пациента, является серьезной проблемой в персонализированной онкологической медицине. Новый подход, основанный на данных, называемый PanDrugs, может помочь в этом. Этот новый вычислительный ресурс был разработан исследователями из подразделения биоинформатики в Национальном онкологическом исследовательском центре Испании (CNIO) и описан в статье, опубликованной в Medicine Medicine.
У большинства видов рака много генетических изменений, биологическая и клиническая значимость которых неясна. Было разработано несколько инструментов для выявления клинически значимых геномных изменений и предложить целенаправленную терапию, но у них есть ограничения, и между сырыми геномными данными и клинической полезностью остается разрыв.
Для этого исследователи, возглавляемые Фатимой Аль-Шахруром, руководителем отдела биоинформатики в CNIO, разработали PanDrugs. «Основная новинка, представленная в этой методологии по сравнению с текущими инструментами, - это расширение пространства для поиска, чтобы обеспечить терапевтические возможности», - объясняет Аль-Шарур.
Другими словами, PanDrugs предлагает лечение прямых мишеней (например, генов, которые способствуют фенотипу болезни и могут быть непосредственно нацелены на препараты) и биомаркеров (например, гены, которые имеют генетический статус, связанный с ответом на лекарственные средства, но белковый продукт не является лекарственной мишенью сам). PanDrugs объединяет биологический уровень систем знаний, основанный на знаниях, который автоматически проверяет биологические схемы, расширяя методы лечения рака от сверх ограниченных списков генов, связанных с раком, ко всему лекарственному пути.
«Эта новая стратегия (так называемый« член пути ») расширяет возможности лечения больных раком, обогащая терапевтический арсенал против опухолей и открывает новые возможности для персонализированной медицины», - говорит Аль-Шарур. Благодаря стратегии участника пути, в документе описывается, как PanDrugs может идентифицировать методы лечения, используемые в клинической практике, которые могут принести пользу пациентам с предстательной железой, грудью и колоректальным раком без изменений, связанных с изменением рака молочной железы.
База данных PanDrugs представляет собой замечательный вклад. «Эта база данных является крупнейшим публичным хранилищем ассоциаций лекарственных препаратов, доступных из известных методов лечения доклинических препаратов. Текущая версия PanDrugs объединяет данные из 24 первичных источников и поддерживает> 56000 ассоциаций лекарственных препаратов».
PanDrugs может быть полностью интегрирован с настраиваемыми конвейерами через программный API, а его изображение на докере облегчает внутреннюю установку, повышает воспроизводимость и улучшает производительность. PanDrugs и PanDrugsdb являются открытыми ресурсами и полностью доступны.
Источник: https://medicalxpress.com/news/2018-06-data-driven-method-personalize-cancer-treatment.html
